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昆明植物所
开发全新叶绿体基因组注释软件

    本报讯(记者 季征) 近日,中国科学院昆明植物研究所植物多样性与基因组学团队伊廷双和李德铢研究组与美国研究人员合作,开发了一个全新的叶绿体基因组注释软件PGA,克服了现有叶绿体基因组注释软件存在的耗时耗力等问题,且能生成日志文档辅助用户检查注释结果。

    基因组注释是利用生物信息学方法和工具,对基因组所有基因的生物学功能进行高通量注释。叶绿体基因组是植物系统发育研究的重要数据来源,为重建不同植物家系的演化历史提供了不可或缺的信息。

    近年来,高通量测序技术的快速发展使得叶绿体全基因组数据呈现爆炸式的增长,但其注释仍然是一个瓶颈。此次开发的叶绿体基因组注释软件采用了反向Blast搜索的方法确定基因在叶绿体基因组上的位置,不依赖庞大的数据库,显著提高了注释的速度;软件包含新开发的基因和内含子特征边界检测算法,极大提高了基因和内含子边界注释的准确性。此外,作为一个本地注释叶绿体基因组的命令行工具,该软件可以运行于任何配置Perl和Blast的计算机系统环境,同时可以自主选择叶绿体基因组参考序列,大大提高了叶绿体基因组注释的灵活性。

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