本报讯(记者 季征) 近日,中国科学院昆明植物研究所研究员李德铢团队在《分子植物》上发表论文,展示了其团队搭建的竹类组学和分类学信息平台。该平台收录了竹类植物18个基因组、476个转录组和16个表观基因组的数据,以及135个属的分类学信息。
竹类植物是竹亚科植物的总称,具有重要的经济、生态和文化价值。竹类植物经历过多次异源多倍化事件,各主要分支间具有复杂的网状演化关系,同源基因的鉴定比较困难。该平台选择水稻作为外类群,以亚基因组为单位,通过整合序列相似性和基因共线性信息,将13个基因组27个亚基因组的基因聚类划分到16.63万个共线直系同源基因簇。与仅使用序列相似性信息聚类方法获得的基因簇相比,同源基因簇在区分直系同源基因和旁系同源基因方面表现更优。
竹类组学和分类学信息平台为每个基因建立了一张“卡片”,记录包括基因注释、各类组织和不同发育阶段表达量等基本信息,查询者可从该卡片链接到基因组可视化和同源基因等模块以及相关外部数据库。此外,平台竹类系统发育工作组版面集中介绍了竹亚科已知属的主要分类学信息包括每个属发表时的原始文献、异名、模式种、形态学描述和地理分布等,并提供了一些主要属的相关研究文献、标本及活体照片等信息。平台丰富的查询、分析和可视化工具,可为全球从事竹类相关研究的人员提供一站式数据支持。


